La comparaison de séquences ADN est une pratique très courante chez les biologistes. Elle est réalisée à différentes fins, mais généralement pour connaître un lien de filiation entre deux individus. En effet, la similarité entre deux séquences permet de tirer différentes conclusions. Pour ce faire, une technique spécifique est utilisée.
ADN et chromosome puisque les chromosomes comportent l’ADN.
Définition d’une séquence génomique
Une séquence génomique ou séquence ADN désigne avant tout un enchaînement de nucléotides sur une molécule d’ADN. Elle se présente sous forme de lettres, qui sont les nucléotides ou bases azotées. On distingue 4 lettres sur une chaîne ADN :
- L’Adénine, représentée par A
- La Thymine, représentée par T
- La Cytosine, représentée par C
- La Guanine, représentée par G
L’ADN comporte toutes les informations permettant la création d’un organisme et des moyens par lesquels il les transmet à sa progéniture. Ainsi, le séquençage ADN est devenu une pratique fondamentale dans le cadre d’une recherche médicale. Il est à la base des différentes études sur toute forme de vie possible.
Comment comparer deux séquences ADN ?
La comparaison de deux séquences est un procédé complexe quand il s’agit de faire un test adn. En effet, il ne suffit pas de trouver une similarité entre deux fragments ou de compter le nombre de caractères différents sur certains points. Deux problèmes majeurs se posent :
- La longueur des deux séquences, qui n’est généralement pas la même
- La difficulté de déterminer si deux séquences doivent être comparées ou non à une longueur spécifique.
L’alignement
L’alignement désigne le processus par lequel il faut comparer plusieurs séquences pour obtenir les plus de correspondances possibles entre les lettres les composant. On distingue plusieurs types d’alignements :
- L’alignement local : les séquences sont alignées sur une partie de leur longueur
- L’alignement optimal : on obtient le score le plus élevé grâce à l’alignement des séquences.
- L’alignement global : les séquences sont alignées sur toute leur longueur
- L’alignement multiple : trois séquences ou plus sont alignées de façon globale.
On utilise donc l’une de ces méthodes dans le cadre d’une analyse ADN, en fonction des résultats escomptés. D’ailleurs, cliquez sur prix dun test adn pour vous renseigner à ce sujet.
L’annotation
L’annotation désigne l’analyse informatique des séquences ADN obtenues lors du procédé pour déterminer les séquences informatives des génomes. Ces séquences sont les gènes, d’où on parle de prédiction des gènes. La majorité des gènes sont identifiés par prédiction ou par leur similarité avec d’autres gènes déjà présents. Il faut toutefois noter qu’il existe des gènes morcelés qui sont déterminés par des algorithmes différents. On les appelle aussi codons des ARN fonctionnels.
Pourquoi réaliser un séquençage ADN ?
Dans le domaine de la génétique, plusieurs raisons peuvent pousser à réaliser un séquençage ADN. Cela permet premièrement de mieux comprendre le génome. Il est essentiel pour les scientifiques, dans la mesure où il permet de trouver des gènes rapidement. En effet, une séquence d’ADN :
- Permet de comprendre la façon dont les gènes opèrent pour permettre à un organisme de se développer.
- Comporte une partie de l’information génétique et donc un indice sur la localisation des gènes.
Tirer des conclusions à partir d’un gène connu
La comparaison de deux séquences génomiques permet de tirer des conclusions sur la seconde, à partir des informations connues sur la première, pour voir si les deux présentent des similitudes. En effet, si l’une des séquences est codante, les chances pour que l’autre le soit également sont élevées. Dans le cas de deux séquences protéiques, les protéines qui correspondent ont de fortes chances d’avoir les mêmes fonctions.
La comparaison avec une base de données
Un laboratoire qui étudie le code génétique dispose toujours d’une base de données génétiques. Ainsi, le premier réflexe d’un biologiste lorsqu’il dispose d’une nouvelle séquence nucléotidique est de parcourir cette base dans le but de trouver des similitudes de cette séquence avec celles de la base. D’ailleurs, la reconstruction d’un arbre phylogénétique n’est possible que grâce à la comparaison des séquences d’ADN d’espèces actuelles.
Les avantages de la comparaison de génomes
Le séquençage de l’ADN est profitable dans de nombreux domaines :
Dans le milieu médical
Il permet de :
- Créer des systèmes de diagnostics et des tests pour les laboratoires d’analyses médicales.
- Créer de nouveaux médicaments
Dans le secteur informatique
Il permet de :
- Développer des logiciels pour prédire et analyser des données biologiques
- Adapter des technologies au secteur biologique
Dans le domaine scientifique
Il permet :
- L’analyse et la compréhension des êtres vivants
- L’analyse et la déduction des différences entre les fonctionnements des cellules de toutes les espèces.
