Principalement utilisé en biologie des populations, en biologie évolutive ou encore en génétique des organismes, le génotypage est une étude visant à déterminer la constitution génétique d’un individu au moyen de marqueurs génétiques et d’une séquence d’ADN. Plusieurs techniques sont utilisées pour le réaliser. En quoi consiste alors ce procédé scientifique et quel est son intérêt ? Voici le point.
Qu’est-ce que le génotypage ?
Le génotype désigne premièrement la composition allélique d’un individu. C’est l’information contenue dans le génome d’un organisme, située dans la cellule sous forme d’ADN ou Acide Désoxyribonucléique. L’information génétique est constituée par la séquence des nucléotides dans la molécule d’ADN. Parmi les différentes techniques utilisées pour effectuer ce test adn, on peut citer :
- La réaction en chaîne de polymérase ou PCR,
- Le séquençage ADN,
- L’AFLP ou le polymorphisme de longueur de fragment amplifié,
- Le RFLP ou polymorphisme de longueur de fragment de restriction,
- Les puces ADN, …
Le génotypage signifie rechercher des rapports entre la composition génétique et d’autres individus grâce aux marqueurs génétiques et de séquencer des petits fragments d’ADN. C’est une technique qui s’applique à différents organismes, dont l’homme, mais aussi aux micro-organismes. Pour en savoir plus, renseignez-vous sur comment faire un test adn.
A quoi sert le génotypage ?
Le génotypage permet d’étudier un génome entier ou certains de ces éléments du point de vue de :
- L’identification des individus ou des liens qui existent entre eux (tests de paternité, criminels…),
- L’évolution et la diversité génétique,
- Lien entre trait phénotypique et variant génétique qui permet par exemple de créer des modèles de prédiction du trait, de découvrir la fonction de gènes ou de dépister certaines maladies génétiques.
Le génotypage est essentiel dans l’étude des généalogies. Il est aussi utile en microbiologie médico-légale et en épidémiologie moléculaire, dans la mesure où les informations obtenues par son biais sont utilisées pour contrôler les agents pathogènes des micro-organismes. En outre, on réalise le génotypage sur les Hommes pour confirmer la paternité et la maternité d’une part et pour connaître les allèles qui définissent les traits physiques d’un individu d’un autre (allèle dominant et allèle récessif).
Comment réaliser le génotypage ?
La réalisation du génotypage s’articule autour des étapes suivantes :
L’extraction et la purification de l’ADN
Tous les tissus peuvent être utilisés pour extraire l’ADN, bien que le sang soit privilégié en tant que source principale. En effet, le sang comporte une quantité importante d’ADN et est facile à extraire d’un organisme, que ce soit d’une personne ou d’un animal. On a d’ailleurs pu grâce à cette méthode repérer de nombreuses similitudes entre l’ADN humain et animal. Puis on réalise premièrement une lyse des cellules, enfin on élimine les autres acides nucléiques et les protéines et on concentre l’ADN dans l’alcool.
La fragmentation de l’ADN
Le génotypage permet uniquement d’étudier des portions d’ADN car l’appréhension de la totalité de l’ADN de la cellule s’avère impossible. Des enzymes de fragmentation sont utilisés pour fragmenter l’ADN par irradiation ou par fragmentation mécanique.
La duplication de l’ADN
On peut amplifier l’ADN grâce au PCR. C’est ce qui permet de garantir la fiabilité des résultats des tests. Le PCR permet de multiplier le nombre de copies du fragment amplifié.
La séparation et le repérage
Pour étudier les fragments, on utilise l’électrophorèse. Pour révéler les fragments, plusieurs méthodes sont utilisées comme le marquage, la coloration de l’ADN ou encore l’hybridation du fragment destiné au séquençage sur des oligonucléotides.
Principales différences entre génotypage et séquençage ADN
Le séquençage ADN est une technique utilisée pour définir l’ordre correct du nucléotide dans un fragment d’ARN ou d’ADN. Différentes méthodes sont aujourd’hui utilisées pour faire le séquençage. On les associe aux technologies de construction de bibliothèques de génomes qui représentent tout le génome d’un organisme.
Ainsi, des différences sont constatées entre les deux procédés :
En termes de définition
Le séquençage est utilisé pour déterminer l’ordre des nucléotides d’un fragment d’ADN ou d’ARN tandis que le génotypage permet de déterminer la composition génétique d’un individu ou de vérifier la taxonomie ou le groupe d’un organisme.
L’objet d’étude
Le séquençage est principalement axé sur l’ordre des nucléotides, ainsi que ses changements et différences avec d’autres organismes. Le génotypage, quant à lui, est utilisé pour savoir si les différences de génotypes proposent les mêmes dissemblances de phénotypes.
Les techniques utilisées
Pour le séquençage, on utilise la technique de séquençage de nouvelle génération, le séquençage Sanger, le pyroséquençage, le séquençage Gilbert ou encore le séquençage par fusil de chasse. Pour le génotypage, on a recours aux techniques citées plus haut.
Les deux disciplines sont utilisées pour l’étude de l’information génétique des organismes. Dans les deux cas, on obtient donc des informations importantes sur les génomes et les gènes.
